Нормативно-правовая база национальной депозитарной системы находится на стадии становления. Постановление Правительства №741 определяет обязанности федеральных органов по созданию Центрального депозитария, утверждает его Устав и типовой договор, однако не содержит конкретных норм, предусматривающих порядок взаимодействия Центрального депозитария, депозитариев, регистраторов, эмитентов в рамках функционирования национальной депозитарной системы.
На уровне ФКЦБ и ЦБ РФ осуществляется детальное регулирование депозитарной деятельности, устанавливаются конкретные требования к депозитарной системе учета.
Депозитарная деятельность осуществляется исключительно на основании лицензий, выдаваемых Федеральной комиссией по рынку ценных бумаг или лицензий, выдаваемых федеральными органами исполнительной власти, Центральным Банком РФ, которым Федеральной комиссией выдана генеральная лицензия.
Лицензирование депозитарной деятельности осуществляется на основании Постановления ФКЦБ РФ №50 от 23 ноября 1998 г. и Положения Центрального Банка РФ от 23 октября 1997 г. В соответствии с данными нормативно-правовыми актами для получения лицензии на право осуществления депозитарной деятельности организации должны отвечать ряду требований.