К 1 января 1989 г. в стране насчитывалось 43 коммерческих банка, спустя год — 224, а к концу 1991 г. — 1357. Однако основная часть этих банков представляла собой «банки однодневки», которые создавались лишь для получения определенной части прибыли, после чего они закрывались, а на их место приходились новые, предполагавшие чрезвычайно благоприятные условия для клиентов, но также не выполнявшие своих обязательств.
Определенный порядок наступил в 1991 г., когда в конце 1990 г. было принято два закона — Закон «О Государственном Банке» и «Закон о банках и банковской деятельности», в которых были определены условия открытия банка, пути и методы контроля за ними. Вслед за этими законами был принят Закон «О банках и банковской деятельности РФ», который окончательно устанавливал двухъярусную банковскую систему в виде Центрального банка, Сберегательного банка и коммерческих банков. Согласно этому Закону коммерческие банки получили самостоятельный статус в области привлечения вкладов и кредитной политики, а также при определении процентных ставок. Кроме того, им были даны права осуществлять валютные операции на основе лицензий, выданных Центральным банком. Специализированные банки превращались в коммерческие банки на основе акционирования.
К моменту принятия этих законов в стране насчитывалось 1215 коммерческих и кооперативных банков с 2293 филиалами.
Новая банковская система складывалась достаточно сложно и противоречиво. К началу 1992 г. действовало уже 1414 коммерческих банков, из них 767 были созданы на базе бывших специализированных банков и 646 вновь образованы. Но, по сути, основная их часть состояла из мелких банков — 1037, или 73% от общего числа банков (уставный капитал от 5 до 25 млн руб.).
Крупных банков (уставный капитал более 200 млн руб.) было 24, или 2% от их общего количества. Основными крупными банками стали Сбербанк и Внешэкономбанк. Особенностью банков этого периода была "их неустойчивость, причинами которой не в последнюю очередь стали недостаточная квалификация, нехватка капитала, неверная процентная политика, высокий риск и низкая ликвидность. Все это приводило к большому числу банкротств.
К 1994 г. банковскую систему можно было считать вполне сложившейся. В ней насчитывалось 2019 коммерческих и кооперативных банка с 4539 филиалами и 414 кредитных учреждений.
Говоря о специализации банков, надо отметить, что почти все они в своей основе универсальные, лишь некоторые из них, которые создавались либо как «карманные», либо на базе специализированных банков, которые отличаются по направлению деятельности. Примерами являются Нефтехимбанк, Промстройбанк, Росселъхозбанк, Агропромбанк.
Особенностью 1994 г. стало создание первых ипотечных банков, занимающихся предоставлением долгосрочного кредита под залог недвижимости. Среди них можно назвать Московский ипотечный акционерный банк, ипотечный Стандартбанк, Санкт-Петербургский ипотечный банк.
Следующие годы ничего особенно нового в развитие банковской системы не принесли. Сначала продолжился рост количества банков — в 1995 г. их стало 2517, а с 1996 г. началось их сокращение.
Главной причиной уменьшения количества действующих банков становятся их банкротство, ухудшение финансового положения. С каждым годом растет число отозванных лицензий. Если до 1994 г. было отозвано 420 лицензий, то только за 10 месяцев 1997 г. — 793. Особенно резко снижается количество паевых, мелких банков (в 1996 г. их число уменьшилось на 100 с 1314 до 1214) и банков с иностранным участием. Но несмотря на это, структура коммерческих банков в стране не меняется. В новой редакции Закона РФ «О банках и банковской деятельности», отмечено, что банковская система России включает в себя Банк России (это официальное название Центрального банка), кредитные организации, а также филиалы и представительства иностранных банков.Исключительное значение имело закрепление на законодательном уровне принципа независимости банков от органов государственной власти и управления при принятии решений, связанных с проведением банковских операций.Крайне недостаточное развитие до сих пор получили кооперативные банки, смешанные (представляющие собой прогрессивный вид, способные сочетать преимущества различных форм собственности), универсальные банки (не по названию или намерению, а по перечню фактически выполняемых операций) и функционально специализированные банки (инновационных, ипотечных, биржевых и т.п.)В то же время отмечается некоторый избыток следующих видов банков: сателлитов (уставной капитал которых сформирован преимущественно из средств клиентов, что лишает их реальной независимости, самостоятельности), «старых» банков, тесно связанных с государственной собственностью и государственными финансами, иностранных банков.В настоящее время в банковской системе РФ заканчивается период экстенсивного, т.е. чисто количественного, роста и перед ней стоят задачи интенсивного, т.е. качественного, развития жесткой конкурентной борьбы на рынке с отсевом слабых и укрупнением банковских структур.