Ведение депозитарного учета возлагается руководством кредитной организации на бухгалтерию или специальное подразделение путем издания соответствующего приказа. Все депозитарные операции, проводимые кредитной организацией с эмиссионными ценными бумагами, должны отражаться в ее депозитарном учете, это правило распространяется на ценные бумаги, принадлежащие кредитной организации, и на ценные бумаги, переданные депонентами для хранения, учета прав собственности, осуществления доверительного управления, а также с целью проведения брокерских операций.
Основанием для совершения проводок по лицевым счетам депо, на которых учитываются ценные бумаги, принадлежащие кредитной организации, переданные клиентами для осуществления брокерских операций и доверительного управления, являются первичные документы подразделений кредитной организации, отвечающих за проведение соответствующих действий с ценными бумагами. Эти документы составляются по итогам проведенных кредитной организацией операций с ценными бумагами. Основанием для совершения проводок по балансу являются те же первичные документы и отчет депозитария о выполненной проводке по счетам депо. Балансом депо называется отчет депозитария о состоянии синтетических счетов депо, составленный на определенную дату. Баланс составляется с по установленной форме и содержит полный перечень синтетических счетов депо, включенных в план счетов, с указанием числа ценных бумаг каждого выпуска, отнесенных к этому счету.
Кроме аналитических и синтетических счетов депо для организации учета в рамках счета депо открываются лицевые счета, которые являются минимальной неделимой структурной единицей депозитарного учета. На лицевом счете учитываются ценные бумаги одного выпуска с одинаковым набором допустимых депозитарных операций. Открытие лицевого счета происходит в рамках счета депо (в том числе в рамках счета депо депонента) и не требует заключения между депозитарием и депонентом отдельного договора. При открытии счета на него заполняется регистрационная карточка, которая помещается в картотеку лицевых счетов счета депо, а также каждому лицевому счету сопоставляется синтетический счет, на котором отражаются находящиеся на данном лицевом счете ценные бумаги.
Для сохранения сведений об операциях, совершенных с лицевым счетом ведутся два журнала: операционный журнал и журнал оборотов.
Совокупность лицевых счетов депо, депозитарные операции с которыми регламентированы одним документом называется учетным регистром.
Открытие раздела счета депо происходит в рамках счета депо и разделу присваивается уникальный код.
Все материалы депозитарного учета должны иметь одну из перечисленных форм: документ на бумажном носителе; электронная запись; электронная запись, достоверность которой подтверждается материалами депозитарного учета в двух вышеперечисленных формах.
Депозитарий самостоятельно выбирает форму хранения того или иного вида депозитарных материалов с учетом требований настоящих Правил и других нормативных документов, регламентирующих порядок ведения депозитарной деятельности.
Все документы, картотеки, журналы, отчетные материалы и записи депозитарного учета (аналитического и синтетического) должны храниться в депозитарии не менее 3 лет с момента поступления документа в депозитарий, внесения последних изменений в картотеку или журнал, подготовки отчета или корректировки записи.
По истечении этого периода все материалы депозитарного учета передаются в архив, где должны хранить не менее 5 лет с момента передачи в архив. Если запись депозитарного учета изменяется, то в депозитарии должна быть предусмотрена возможность получить все предыдущие состояния записи за нормативный период ее хранения.
Информация о закрытых счетах депо должна не менее трех лет с момента закрытия. По истечении этого срока информация о закрытых счетах передается в архив, где должна храниться не менее пяти лет с момента передачи в архив. Дата списания и информация, необходимая для нахождения счета в архиве, заносится в регистрационный журнал закрытых счетов депо.
Ценные бумаги в депозитарии могут находиться в открытом или закрытом хранении.
При открытом способе хранения на лицевом счете депонента учитывается только суммарное количество ценных бумаг без указания их индивидуальных признаков (таких, как номер, серия, разряд) и без указания индивидуальных признаков удостоверяющих их сертификатов. Если ценные бумаги на данном лицевом счете находятся в открытом хранении, то депонент вправе отдавать депозитарию поручения только по отношению к определенному количеству ценных бумаг без указаний индивидуальных признаков.